Τα Μάταλα ήταν επίνειο της Φαιστού κατά τη μινωική περίοδο και της Γόρτυνας κατά τη ρωμαϊκή. Από τη θάλασσα διακρίνονται ίχνη του αρχαίου οικισμού. Εδώ ναυάγησαν τα πλοία του Μενελάου (Η λισσή αιπεία τε εις άλα πέτρη, Οδύσ. γ 293) και πιστεύεται ότι ήταν το ακρωτήριο Νύσος μεταξύ των όρμων Κομμού- Ματάλων.

Στα βενετικά έγγραφα αναφέρεται ο ναός της Παναγίας (La Madonna di Matala), στην είσοδο του οποίου υπάρχει η επιγραφή Πλύνετε την κεφαλήν και καθαρίσατε τους πόδας και έπειτα εισέλθητε εις τον ιερόν τούτον οίκον.
Στην απόκρημνη ακτή του χωριού υπάρχουν τεχνητοί σπηλαιώδεις χώροι (και υποβρύχια σπήλαια), λαξευμένοι στο βράχο. Λέγεται ότι ήσαν τάφοι. Μερικοί όμως έχουν δωμάτια, κλίμακες, παράθυρα και προστώα. Έτσι φαίνεται ότι κάποτε χρησιμοποιήθηκαν ως κατοικίες. Οι κλίνες μοιάζουν με τους τάφους των Ετρούσκων.